Badania naukowe prowadzone na Wydziale dostosowane są do potrzeb regionu i dotyczą agroekologicznych, agrotechnicznych, fizjologicznych oraz ekonomicznych uwarunkowań produkcyjności i wartości użytkowej roślin uprawnych. Główne problemy badawcze przedstawiają się następująco:
Badania realizowane są w ramach 20 tematów badań własnych, 20 tematów statutowych i 14 projektów badawczych finansowanych przez MNiI.
W realizacji prac badawczych Wydział współpracuje z wieloma naukowymi placówkami krajowymi i zagranicznymi
prowadząc stałą wymianę doświadczeń, informacji i publikacji.
Współpraca międzynarodowa prowadzona jest między innymi z:
Finansowanie działalności badawczej wspomagają również dotacje KBN na inwestycje aparaturowe oraz środki pozabudżetowe (m.in. dotacje z WFOŚiGW oraz AWRSP).
Dorobek i osiągnięcia naukowe pracowników Wydziału Rolniczego mają dużą wartość poznawczą. Ich efektem są publikacje naukowe, które ukazały się w krajowych i zagranicznych czasopismach specjalistycznych oraz jako opracowania monograficzne. Wyniki badań prezentowane są na międzynarodowych i ogólnopolskich konferencjach naukowych. Wydział Rolniczy był także organizatorem kilkudziesięciu konferencji ogólnopolskich i międzynarodowych.
Wyrazem autorytetu, jakim cieszą się pracownicy Wydziału w środowisku naukowym i ich aktywnej działalności na rzecz polskiej nauki są powierzane im funkcje. Liczne grono pracowników naukowych Wydziału uczestniczy w pracach komitetów i sekcji PAN, KBN, COBORU. Inne formy aktywności to członkostwo w Społecznej Radzie Konsultacyjnej ds. Strategii Rozwoju Województwa Kujawsko-Pomorskiego, w Zespole Doradczym ds. Wsi i Rolnictwa Wojewody Kujawsko-Pomorskiego, w Radach Naukowych Instytutów Naukowych. Pracownicy Wydziału kierują również pracami: Wydawnictwa Uczelnianego ATR, komitetów redakcyjnych i naukowych dwóch prestiżowych ogólnopolskich czasopism związanych z naukami rolniczymi (Electronic Journal of Polish Agricultural Universities, seria Agronomy oraz Acta Scientiarum Polonorum, seria Agricultura), czasopisma o randze międzynarodowej (Humic Substances of Environment) oraz są członkami komitetów redakcyjnych i rad programowych czasopism ogólnopolskich (Polish Journal of Soil Science, Roczniki Gleboznawcze, Phytopathologia Polonica, Pamiętnik Puławski, Roczniki AR w Poznaniu seria Ogrodnictwo).
Spektakularnymi osiągnięciami ostatnich lat były:
Kadra Naukowa Wydziału jest reprezentowana w międzynarodowych towarzystwach naukowych: International Humic Substances Society, International Society for Horticultural, European Association for Potato Research, European Society for Agronomy, L'Association Française pour la Production Fourragère, International Soil Tillage Research Organization, International Soil Science Society, International Institute for Beet Research, International Association for Plant Tissue Culture, EUCARPIA, Międzynarodowe Towarzystwo Łubinowe.
Od początku swego istnienia Wydział prowadzi działalność na rzecz regionu. W ramach upowszechniania wśród rolników wyników badań opracowano szereg instrukcji wdrożeniowych oraz prowadzone są szkolenia, wykłady oraz warsztaty na terenie byłych 5 województw z zakresu uprawy mieszanek zbożowych i zbożowo-strączkowych, możliwości uproszczeń uprawy roli, zintegrowanego systemu produkcji roślinnej, gospodarowania w warunkach dużego udziału zbóż w strukturze zasiewów, gospodarki łąkowo-pastwiskowej oraz ochrony roślin. Katedry i Zakłady Wydziału mają możliwość świadczenia fachowych usług na rzecz praktycznego rolnictwa, ochrony środowiska, ekologii oraz wykorzystania odpadów oferując analizy laboratoryjne, opinie, ekspertyzy, doradztwo techniczne i technologiczne, szkolenia rolników i służby rolnej.
© Wydział Rolniczy ATR